基因组分析

最近有个做生物信息的朋友向我吐槽，说他们实验室分析基因组数据太慢了，一个全基因组测序分析要跑好几天，严重影响研究进度。我问他用的是什么配置，他说就是普通的台式机加上一些CPU计算节点。这不，问题就出在这里了。 基因组数据分析，特别是高通量测序数据处理，本质上是个高度并行化的任务。想想看，要把数十亿条短读段与参考基因组进行比对，这个过程中有大量重复但独立的小任…